Bazı actinobacteria türlerinin enfeksiyon etkeni Pseudomonas spp., Staphylococcus spp. ve Proteus spp. izolatları üzerine antimikrobiyal etkilerinin deneysel ve tüm genom tabanlı araştırılması

Abstract

Bu tez çalışmasında T.C. Sağlık Bakanlığı Bursa Ali Osman Sönmez Onkoloji Hastanesi'nde Ocak 2021-Haziran 2021 tarihleri arasında en önemli hastane enfeksiyonlarına yol açan, çeşitli servislerde yatan hastalardan elde edilmiş klinik izolatlar olan Pseudomonas spp., Proteus spp. ve Staphylococcus spp. kullanılmıştır. Çalışmada 57 adet Pseudomonas aeruoginosa, 50 Adet Staphylococcus aureus ve 5 adet Proteus mirabilis kullanıldı. Elde edilmiş klinik izolatların %75'i idrar kültüründen, %16.6'sı trakeal aspirat kültürü, %8,4'ü kan kültüründen izole edilmiştir. Pseudomonas spp. izolatları Vitek-2 cihazında, Staphylococcus spp. ve Proteus spp. izolatları ise APİ kullanılarak tanımlanmıştır. Tanımlanan izolatların Gentamisin, Tigesiklin, Ampisilin, Ertapenem, Sefepim, Meronem, Cefazolin, Linezolid, Seftazidim, Teikoplanin, Tetrasiklin, Vankomisin, Amoksisilin klavulanik asit antibiyotiklerine karşı antibiyotik direnç profilleri belirlenmiştir. Actinobacteria cinsleri antibiyotik üretimi başta olmak üzere, enzimler, immünosüpresif ajanlar ve antitümör ajanlar gibi çeşitli metabolitler üretme potansiyeline sahip bakterilerdir. Günümüzde patojenlerin antibiyotik dirençleri ve tedavide oluşan yetersizlikler sebebiyle yeni antibiyotiklerin keşfi kaçınılmaz olmuştur. Belirtilen tarihler arasında izole edilen suşlar 6 farklı Actinobacteria suşu seçilerek antimikrobiyal aktive testine tabi tutulmuştur. Pseudomonas aeruoginosa suşlarında Actinomadura sp. 14C53 %56,6 oranında, Staphylococcus aureus suşlarında Nonomuraea zeae DSM 100528T %50 oranında zon çapı ölçülmüştür. Proteus mirabilis suşlarında zon çapı ölçülmemiştir. Sonuç olarak, Actinobacteria üyesi türlerin antimikrobiyal aktive test sonuçlarında bazı patojenler üzerinde olumlu sonuç verdiği gözlenmiştir.

In this thesis, T.C. ın the Ministry of Health Bursa Ali Osman Sönmez Oncology Hospital Pseudomonas spp., Proteus spp. and Staphylococcus spp. Used. 57 Pseudomonas aeruoginosa, 50 Staphylococcus aureus and 5 Proteus mirabilis were used in the study. Of the clinical isolates obtained, 75% were isolated from urine culture, 16.6% from tracheal aspirate culture and 8.4% from blood culture. Pseudomonas spp. Staphylococcus spp isolates. and Proteus spp. The isolates were identified using the API. Antibiotic resistance profiles of the detected isolates against Gentamicin, Tigecycline, Ampicillin, Ertapenem, Cefepim, Meronem, Cefazolin, Linezolid, Ceftazidime, Teicoplanin, Tetracycline, Vancomycin, Amoxicillin and clavulanic acid antibiotics were determined. Actinobacteria are bacteria that have the potential to produce various metabolites such as antibiotics, enzymes, immunosuppressive agents and antitumor agents. Today, the discovery of new antibiotics has become inevitable due to antibiotic resistance of pathogens and inadequacies in treatment. The strains isolated between the specified dates were selected from 6 different Actinobacteria strains and subjected to antimicrobial activity testing. In Pseudomonas aeruoginosa strains, of Actinomadura sp. 14C53 Zone diameter was measured at 56.6% in Staphylococcus aureus strains and 50% of Nonomuraea zeae DSM 100528T. Zone diameter was not measured in Proteus mirabilis strains. As a result, it was observed that the member species of Actinobacteria gave positive results on some pathogens in the antimicrobial activation test results.