Puccinia striiformis f. sp. tritici aday patojen efektör geninin polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılması ve klonlanması

Abstract

Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), buğdayda sarı pas hastalığına sebep olan obligat, biotrofik bir mantardır ve dünya çapında buğdaya en fazla zarar veren patojendir. Başta Türkiye olmak üzere dünya buğday üretimi için en büyük problemlerden birini oluşturmaktadır.Bu tez çalışmasında, direnç mekanizmasında rolü olduğu düşünülen Pst?ye ait aday efektör gen PstHa12j12?nin 342 baz uzunluğunda olan kısmı sentezlettirilmiştir.Sentezletirilen gen fragmanının 180 baz uzunluğundaki bölüme özgün primerler dizayn edildi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltıldı ve susturma vektörü olan pSL039B-1 vektörüne klonlanması amaçlandı. Daha ileriki aşamada Avocet Yr10 buğday çeşidinden enzimatik yolla protoplast hücrelerinin izolasyonu amaçlandı. PZR ile PstHa12j12 gen fragmanı çoğaltımı başarıyla gerçekleşti ve transformasyon sonucu klonlar elde edildi. Sekansa gönderilen klonların analiz sonuçlarına göre klonlama işleminin başarısız oldu, Avocet Yr10?den protoplast izolasyonu gerçekleşti fakat büyümeleri için konuldukları ortamda oluşan kontaminasyondan dolayı tek bir hücreden yeni bir bitki oluşumu gerçekleştirilemedi.Anahtar Kelimeler: Buğday, Puccinia striiformis f. sp. tritici, bitki immün sistemi, klonlama, protoplast

Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst) is an obligate, biotrophic fungus which causes yellow rust disease and it is the major patogen that gives destruction to the wheat around the world. Especially Turkey, one of the biggest problems for world wheat production.In this thesis, the 342 base pair of PstHa12j12 gene, which has an important role on resistance mechanism in Pst, was synthesized. The primers specific to the 180bp of the synthesized gene fragment were designed. After amplified by PCR reaction, the gene fragment was aimed to inserted into the silence vector pSL039B-1. further studies, wheat cultivar Avocet Yr10 cells protoplast isolation with enzyme aimed. PstHa12j12 gene fragment was amplified by PCR succesfully and the clones were obtained after transformation. According to the results of clones sequence analysis the clonning process failed, protoplast isolation from Avocet Yr-10 was perfomed successfully but there was no plant growing observed since the culture medium was contaminated.Key words: Wheat, Puccinia striiformis f. sp. tritici, plant immune system, cloning, protoplas