Biochemical identification and numerical taxonomy of Aeromonas spp. isolated from food samples in Turkey

Abstract

Kırmızı et, çiğ tavuk, kıyma ve balıktan alınan Aeromonas suşlarına ait yeni 126 izolatın fenotipik verilerini analiz etmek için nümerik taksonomi kullanılmıştır. Her bir suş 86 karakter bakımından test edilmesine rağmen son veri seti 63 karakter ile SSM benzerlik katsayısı ve UPGMA kümeleme algoritmasıyla analiz edilmiştir. Suşlar % 83’den büyük SSM değerlerinde, 7 büyük (5 ve üzeri suş), 3 küçük (2-4 suş) ve 5 adet tek üyeli kümeden oluşan 10 agregat grup içinde toplanmış ve bu suşlar sırasıyla A. hydrophila, A. caviae ve A. sobria olarak tanımlanmışlardır. Gıdalardan elde edilen izolatların nisbi bir fenotipik aralık gösterdiği ve suş gruplarının mevcut tanımlama şemasındaki tip örnekleriyle mukayese edildiklerinde tipik olmayan profi llere sahip olduğu kanıtlanmıştır. Fenetik yaklaşımın Aeromonas türlerini tanımlamada ve sınırlandırmada gerekli bir araç olduğu açıkça görülmüştür. Farklı kaynaklardan izole edilen Aeromonas suşlarının nümerik taksonomisi, özellikle gıdalarda potansiyel patojenik Aeromonas’ların varlığını ortaya çıkarmıştırNumerical taxonomy was used to analyze phenotypic data obtained from 126 new isolates of Aeromonas strains taken from red meat, raw chicken, minced meat, and fi sh samples. Each strain was tested for 86 characters but only the fi nal data including 63 characters were analysed using the SSM coeffi cients and the UPGMA clustering algorithm. At SSM values of ≥ 83%, the strains clustered into 10 aggregate groups consisting of 7 major (5 and up strains) and 3 minor (2-4 strains), and 5 single member clusters, each of which was identifi ed as A. hydrophila, A. caviae, and A. sobria, respectively. It was proved that the food isolates showed a relative phenotypical distance and the groups of strains that had atypical profi les were compared with the type species by the present identifi cation schemes. It was clearly seen that the phenetic approach was a necessary tool to delimitate and identify the Aeromonas species. Numerical taxonomy of Aeromonas strains isolated from diff erent sources revealed the presence of potentially pathogenic Aeromonas spp., especially in food.